Za vrijeme mongolske provale 1242. godine Senj se našao među gradovima koje su Mongoli pokušali osvojiti. Dio stanovništva sklonio se na obližnji otok Krk, gdje su ih knezovi Krčki primili i zaštitili, dok su obranu samoga grada organizirali templari. Mongolska vojska nije uspjela zauzeti Senj, ponajprije zato što sa sobom nije dovela opsadne sprave potrebne za osvajanje snažno utvrđenoga grada.
Templari su u Senju imali važnu ulogu. Osim vojne zaštite grada, razvili su sustav koji se smatra pretečom suvremenoga bankarstva. Trgovci su mogli položiti novac u jednom templarskom sjedištu i, uz odgovarajuću potvrdu, podići ga u drugome. Takav način poslovanja povećavao je sigurnost trgovine i dodatno jačao gospodarski značaj Senja. Upravo zato u gradu su se okupljali trgovci iz Venecije, Dubrovnika i drugih sredozemnih središta, dok je Senj postao glavna hrvatska luka za trgovinu s unutrašnjošću kraljevstva.
Posebno mjesto u povijesti Senja zauzima glagoljaška tradicija. Godine 1248. senjski biskup Filip ishodio je od pape
Inocenta IV. bulu kojom je odobrena uporaba glagoljice i staroslavenskoga jezika u bogoslužju na razini čitave Senjske biskupije. Bila je to jedinstvena povlastica unutar Rimokatoličke Crkve i jedan od najvažnijih dokumenata hrvatske kulturne povijesti. Samo nekoliko godina poslije slično je pravo dobio i benediktinski samostan sv. Nikole u Omišlju na otoku Krku, što svjedoči o snažnoj povezanosti knezova Krčkih s glagoljaškom tradicijom.
U tom se kontekstu često spominje i znameniti Kločev glagoljaš, jedan od najstarijih sačuvanih glagoljskih rukopisa. U podcastu
Tomislav Beronić iznosi vlastitu interpretaciju prema kojoj je taj rukopis bio posebno cijenjen među knezovima Krčkima te ga naziva
”Frankopanskim kodeksom”, ističući njegovu važnost u glagoljaškoj tradiciji.
Nakon smrti kralja
Bele IV. politički položaj knezova Krčkih postajao je sve snažniji. Ostali su vjerni novom kralju Stjepanu V., sklapali važne ženidbene saveze te širili svoj utjecaj prema Slavoniji. Istodobno su razvijali trgovinu solju, koja je predstavljala jedan od glavnih izvora njihovih prihoda. Za takvu trgovinu bio im je potreban siguran prometni pravac od Jadrana prema unutrašnjosti, a upravo je Senj predstavljao njegov početak. Cesta preko Vratnika, Brinja i Modruša vodila je prema Slavoniji i omogućavala povezivanje primorja s kontinentalnim dijelom kraljevstva.
Presudan trenutak dogodio se 20. listopada 1271. godine. Nakon godina nestabilne uprave, građani Senja jednoglasno su izabrali
Vida IV. Krčkog za vječnoga gospodara grada. Kralj je ubrzo potvrdio njihov izbor, čime je započelo gotovo dvostoljetno razdoblje frankopanske vlasti nad Senjom. Od toga trenutka knezovi Krčki u svojim titulama redovito ističu da su knezovi Krčki, Senjski i Modruški, naglašavajući važnost novoga središta svoje moći.
Frankopani nisu Senj promatrali samo kao utvrđeni grad. U njemu su podigli franjevački samostan i crkvu koja je postala njihova obiteljska grobnica tijekom gotovo dvaju stoljeća. Premda su taj kompleks u 16. stoljeću, zbog obrane od Osmanlija, srušile kraljevske vojne vlasti kako neprijatelj ne bi stekao uporište izvan gradskih zidina, njegova važnost za povijest Frankopana ostala je neupitna.
Osvajanjem političkoga utjecaja u Senju knezovi Krčki dobili su mnogo više od jednoga grada. U svojim rukama povezali su Krk, Vinodol, Modruš i najvažniju hrvatsku luku, stvarajući jedinstvenu gospodarsku i prometnu cjelinu. Time su otvorili put daljnjem širenju prema Gackoj i hrvatskoj unutrašnjosti te postavili temelje moći koja će Frankopane tijekom sljedećih stoljeća učiniti jednom od najutjecajnijih hrvatskih velikaških obitelji.
Utvrda Gradec, najstarije poznato sjedište knezova Krčkih.